Sulla scorta di quanto già indicato nelle circolari n. 644 dell’08/01/2021 contenenti le “Indicazioni operative relative al rischio di diffusione di nuove varianti SARS-CoV2 in Unione europea/Spazio Economico Europeo (UE/SEE): misure di prevenzione per i viaggiatori e sorveglianza di laboratorio”, e n. 3787 del 31/01/2021 con la nota di “aggiornamento sulla diffusione a livello globale delle nuove varianti SARSCoV-2, valutazione del rischio e misure di controllo”, è emersa la necessità, da parte del Ministero della Salute, di valutare la diffusione delle varianti del virus SARS-CoV-2 sul territorio nazionale.
GENOTIPIZZAZIONE SISTEMA SORVEGLIANZA INTEGRATA (ISS)
Il sistema di Sorveglianza Integrata dei casi di infezione da Covid-19, coordinato dall’Istituto Superiore di Sanità ai sensi dell’Ordinanza n 640 del 27/02/2020, a partire dal 06/02/2021, raccoglie le seguenti nuove informazioni sui casi con diagnosi di infezione da SARS-Cov-2:
1) se è stata effettuata la genotipizzazione. Se si:
2) per quale motivo (scelta random del campione/viaggio in zone con alta incidenza di
varianti/focolaio/contesti ad alto rischio/reinfezione/soggetto vaccinato/amplificazione negativa del gene S/altro- specificare);
3) la data di genotipizzazione.
4) Se è stato sequenziato l’intero genoma (NGS) o parte di esso (Sanger gene S “spike”),
5) Se è stata individuata una delle tre varianti di interesse (UK, sudafricana, brasiliana),
6) Il codice GISAID (“Global Initiative on Sharing All Influenza Data”), se disponibile.
VARIANTE BRITANNICA: INDAGINE RAPIDA PER STIMA DIFFUSIONE
Per stimare la diffusione della variante VOC202012/01 (comunemente detta “variante britannica”); è stata disegnata un’indagine rapida coordinata dall’Istituto Superiore di Sanità in collaborazione con le Regioni e PPAA ed in particolare con i laboratori da queste ultime identificati.
METODOLOGIA E NUMERO CAMPIONI
L’indagine si svolge in due giorni consecutivi. Il numero di campioni che ogni Regione/PPAA deve sequenziare viene calcolato in base al numero di nuovi positivi riportati nel giorno immediatamente precedente all’indagine. La metodologia è descritta in dettaglio nella nota tecnica riportata in Allegato.
Fonte: Ministero della Salute